Un proyecto para impulsar la protección de los humedales y los manglares que rodean el pueblo de Puerto Morelos podría implementarse pronto por el gobierno municipal y la SEMARNAT.
El proyecto consiste en restaurar el flujo natural de agua a través de los humedales secos que se interrumpieron debido a la construcción de carreteras al pueblo y a la costa al Petempich. El plan es construir canales de drenaje por debajo de las carreteras para distribuir el agua a través de los humedales y volver a conectar las áreas fragmentadas para que se pueden mover los animales silvestres. Además, también se planea reforestar.